1937년 12월 13일, 일본이 중국 대륙을 침략한 후 난징까지 입성하자 중국 대륙은 무자비한 살육이 판치는 죽음의 땅이 되어간다. 이 시기 난징의 윈체스터 대성당에는 미처 피난을 떠나지 못한 수녀원 학교의 소녀 13명이 남아 돌아가신 잉글먼 신부의 장례를 위해 장의사를 기다리고 있다. 장의사 존(크리스찬 베일)이 죽을 고비를 넘기고 성당에 도착하고 일본군의 총칼을 피해 술집여인들과 중국군 부상병들까지 성당에 숨어들면서 위태로운 이들의 동거가 시작되고 제네바 조약으로 안전지대로 보호받아야 할 성당까지 무력으로 위협하는 일본군의 만행에 존은 분노를 느끼기 시작하는데...​